このページでは「悪の組織」について攻略しています。
| 名前 | 説明 |
 ヨノワール | 凄腕とされている知識多き探検家。物知りでやさしかった。 だが、それはオモテの顔で、正体は闇のディアルガの手下。 ズル賢く、主人公の正体もすぐに見破った。 スペシャルエピソードでは、ジュプトルを一度だますが、ジュプトルの渾身の説得により、改心、和解する。 性別は♂。 |
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 ヤミラミ | ヨノワールの手下達。 みらいせかいで登場する。主に「ウィイイイ！！！」と叫ぶ。 性別はみんな♂。 「あんこくのみらいで」では、闇のディアルガ、ヨノワールに代わる新たな副臣の命令でヨノワールを襲う。 実はジュプトルを騙すための作戦。 |
 闇のディアルガ | 時が壊れた影響で暴走したディアルガのなれの果て。 ヨノワールに命令をしているポケモン。 未来を変える（星の停止を食い止める）ことを妄信的に止めさせようとしている。 性別は不明だが口調は♂。 |
 ダークライ | 世界を暗黒に染めようと目論んでいる、諸悪の根元。 自分からは直接手を下そうとすることはなく、幻術や悪夢を駆使して相手を陥れようとする。 夢の中で、もっともらしい嘘で追い込んだり、パルキアを騙して襲わせる等、何度も主人公達を殺そうとした。 また、無関係のルリリを悪夢で昏睡させたりするなどかなりの悪人。 性別は不明だが口調は♂。クレセリアに化けた。 |